文章导航：
在NCBI中如何查询基因的功能
知道了名字，在搜索框里输入后可以看到相应的搜索结果，然后点击进去，有个“MIM”（在线孟德尔遗传）就可以看到它的功能。
ORF是开放阅读框，指的是mRNA上编码氨基酸的那段序列，从AUG开始，直到终止子，但是不包括终止子。ORF的数据在进入NCBI主页的右下侧一个叫ORFfinder的超链接里，点击进去后输入相应序列的mRNA序列，然后再点击ORF find就可以预测处它的ORF，但是往往会有很多结果，一般来说第一个结果是真实的，其余的都是假阳性的。
fasta格式指的就是一个大于号开头，后面跟上这段序列的描述，然后另起一行就是数列，给你个例子你就知道了，如下，这就是人类USF1 mRNA的fasta格式
gi|46877100|ref|NM_007122.3| Homo sapiens upstream transcription factor 1 (USF1), transcript variant 1, mRNA
AACATGGCCGCGGGCTGGAAGTGCGCATGAGCAGCTGTCTATGGAGATACCTAGGCCGGGAGAGGGAGAA
CACAGTTGGAGAAAATCGGCAGCTGAGACGGCCTTGGCCGGACTTAGCACTCAGGCCTGTGAATCAGGAG
ATACAAAGACCTCCAAAAAAGGACCAGTTCCTCGGATGTGCCCCCTCACAGAGAGATGAAGGGGCAGCAG
AAAACAGCTGAAACGGAAGAGGGGACAGTGCAGATTCAGGAAGGTGCAGTGGCTACTGGGGAAGACCCAA
CCAGTGTGGCTATTGCCAGCATCCAGTCAGCTGCCACCTTCCCTGACCCCAACGTCAAGTACGTCTTCCG
AACTGAGAATGGGGGCCAGGTGATGTACAGGGTGATCCAGGTGTCTGAGGGGCAGCTGGATGGCCAAACT
GAGGGAACTGGCGCCATCAGTGGCTACCCTGCCACTCAATCCATGACCCAGGCGGTGATCCAGGGTGCTT
TCACCAGTGATGATGCAGTTGACACGGAGGGGACAGCTGCTGAGACGCACTATACTTACTTCCCCAGCAC
GGCAGTGGGAGATGGGGCAGGGGGTACCACATCGGGGAGTACAGCTGCTGTTGTTACTACCCAGGGCTCA
GAGGCACTGCTGGGGCAGGCGACCCCTCCTGGCACTGGTCAATTCTTTGTGATGATGTCACCACAAGAAG
TACTGCAGGGAGGAAGCCAGCGCTCAATTGCCCCTAGGACTCACCCTTATTCCCCGAAGTCAGAAGCTCC
CCGGACGACTCGGGATGAGAAACGCAGGGCTCAGCATAATGAAGTGGAGCGTCGCCGCCGAGACAAGATC
AACAACTGGATCGTGCAGCTCTCCAAGATAATCCCAGACTGCTCTATGGAGAGCACCAAGTCTGGCCAGA
GTAAAGGTGGGATTCTATCCAAAGCTTGTGATTATATCCAGGAGCTTCGGCAGAGTAACCACCGCTTGTC
TGAAGAACTGCAGGGACTTGACCAACTGCAGCTGGACAATGACGTGCTTCGACAACAGGTGGAAGATCTT
AAAAACAAGAATCTGCTGCTTCGAGCTCAGTTGCGGCACCACGGATTAGAGGTCGTCATCAAGAATGACA
GCAACTAACTATGGGGATTCAGGGGCTTTGGGCCCAAGAACTGCAGATAGCCCAGGAGCAACAGCCTAAT
CCCGTGCCCCTTTCCTTCACTGCCCCACTTCTGGCATGGGACAGGGGGAAGTTCAGAAGGTGTGTCCTTG
AACTGAGGCCCTGTGATATGGCGGCCTGCAGTGGTGTGAAACACACAATGTGGACGTGCACTGACAGCCT
TGCCCACCCCCACCATGCAGCCCCTGGGCCCTTGTGCTCCTCTCGCACAATGCATGTGCTGTCTCCATGC
TGGATACTGGACACACTAAACTCTGGGGCTTGTCCTGTGCTTGCTTAGAGTGCCCAGCAGAGGTTTGCTG
ACAGGTGATGCTCTGGCTTGCCCCAGGACTCTGGCACTTCCATTGGTTCTTCCTTTCCCTGGAGCTGAGG
TTTAGATGTGCAACCTGTGGCTCAGGGGAGCAAGCTTACACAAGAAGTGAGGGAAGGATGTTTAGCAGTG
GCTGGTGCCCATGAAGAGGAGATTGGCCAGTGAGAAGCTGAGGCCTATGCAGACATCTCTGGAGCCAGAG
AGAACAACAGGCAGGGGCCCACTTGGGGCCTTCCCCCTTGTGGGGGTCGTTTTTTTTTTTTCTTTTCTTT
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGATAAAATTGTTCAAAGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAA
这就是fasta格式，你可以以TXT的方式保存，也可以以后缀名为.fasta的方式保存，然后以文本文件打开就行了，说白了就是个文本文件呵呵。一般情况下这样就可以了，但是如果用blast2go来做GO分类的话，就必须用.fasta来保存，否则该软件不识别。详细的在NCBI上都有的，自己可以去看。
怎么在NCBI上搜索基因
胰岛素的英文名你总知道吧？随便翻本字典就有。然后打开NCBI主页，下拉菜单里选gene，然后后面输入胰岛素英文名，点go就行了。
怎样在NCBI中查找基因
在NCBI 上查找基因，挺多人都在问这个。当然，对于经常泡NCBI 的人来说，查找基因是
入门的、基础的，对高手来讲根本不是个问题。但新手就不同了。
当然了，直到现在，虽说已经会了一些，但在NCBI 查找基因，虽说是基础但也是挺复杂的
今天要讲的。
今天用“苯丙氨酸解氨酶(Phenylalanine ammonia-lyase，PAL)”来作为例子，物种是豆科的。
1，打开NCBI，选择核苷酸（Nucleotide）数据库，填上Phenylalanine ammonia-lyase，
点击GO，搜索
2，我们来看结果，总共有1022 个，结果太多了，有时候刚好你要的结果在第一页的话，
那就好办。不是的话，你慢慢的找，实在不是办法。特别是网络不好时，上NCBI 又很慢，
的确是一种折磨。
3，这个时候我们可以再想办法缩少范围，比方你要找的是豆科的，我们来大豆（soybean）
来作例子。在搜索时加上soybean，结果将会大大减少。
4，这时候结果已经一目了然，这里需要再介绍另外一种搜索的方法。这种方法是比较精确
的。首先在taxonomy 数据库查到soybean 的 taxonomy ID，再回到Nucleotide 数据库，
搜索” Phenylalanine ammonia-lyase txid3847 “，txid 是taxonomy ID 是缩写，3847 是大豆
soybean 的taxonomy ID。这样子，将搜索范围锁定在大豆。
5，看下图，出来的结果都是大豆的，这时基本上就大功告成了。找到了大豆苯丙氨酸解氨酶的序列
6，进入序列页面，默认是GenBank 格式，你也可以选择Fasta 格式，一般都是保存为Fasta格式。
ncbi数据库怎么查找基因序列
在NCBI主页上方search栏左边有一个database选择框,点击下拉三角形选择nucleotide（如图红框）在search栏输入基因名搜索即可.以人的orc1基因为例,在搜索结果中选择mRNA和complete
cds序列的结果都可以,如下点击进入序...
如何使用NCBI查找基因
1 打开NCBI主页
2 左边search里面选择GENE 右边NCBI怎么查人EPO基因的对话框里输入你想要的基因名称
3 在出来的所有条目第一行后面都有种属表明，比如Homo sapiens是人Felis catus是猫。选择你想要的种属。
4 再出现的页面中找到那个像数轴的图，在左侧有可以点击的蓝色数字，往往开头有AK、NM的开头，点击它，再出现的下拉框里选择GENEBANK。
5 最下面就是NCBI怎么查人EPO基因他的基因序列 当然也可以参考页面上提供的CDS区域范围来看。
发布于 2022-12-15 22:18:48 回复
发布于 2022-12-16 01:37:16 回复